Ông từng công tác tại Ban Nội chính Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Ban Thư ký Ban Chỉ đạo Cải cách Tư pháp Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Văn phòng Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam.[3]

Từ tháng 6 năm 2009 đến tháng 12 năm 2010, ông là Thạc sĩ, Phó Vụ trưởng Vụ Pháp luật và cải cách tư pháp, Văn phòng Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam.[4][5]

Sau đó, ông giữ chức Vụ trưởng, Thư ký Chánh Văn phòng Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam.[2][6]

Ngày 7 tháng 11 năm 2014, Thường trực Tỉnh ủy Đắk Lắk đã công bố quyết định của Ban Bí thư Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam về việc luân chuyển ông Nguyễn Hải Ninh, Vụ trưởng, Thư ký của Bí thư kiêm Chánh Văn phòng Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam Trần Quốc Vượng, về tham gia Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh Đắk Lắk nhiệm kì 2010-2015 và giới thiệu cho Hội đồng nhân dân tỉnh Đắk Lắk bầu giữ chức vụ Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Đắk Lắk nhiệm kì 2011-2016.[3]

Sáng ngày 11 tháng 12 năm 2014, Nguyễn Hải Ninh, Tỉnh ủy viên tỉnh Đắk Lắk được Hội đồng nhân dân tỉnh Đắk Lắk bầu bổ sung giữ chức vụ Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Đắk Lắk khóa 8 với 76/76 phiếu thuận thay cho Hoàng Trọng Hải nghỉ hưu.[1][6]

Tháng 1 năm 2016, tại Đại hội Đại biểu toàn quốc Đảng Cộng sản Việt Nam lần thứ 12, Nguyễn Hải Ninh được bầu làm Ủy viên Dự khuyết Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa 12 nhiệm kì 2015-2020.[7]

Sáng ngày 4 tháng 7 năm 2016, Nguyễn Hải Ninh tái đắc cử chức vụ Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban nhân dân tỉnh Đắk Lắk khóa 9 nhiệm kì 2016-2021 dưới quyền Chủ tịch Phạm Ngọc Nghị.[8]

Ngày 4 tháng 3 năm 2019, Nguyễn Hải Ninh, Ủy viên Ban thường vụ Tỉnh ủy, Phó Chủ tịch Thường trực UBND tỉnh Đắk Lắk nhận quyết định Bộ Chính trị Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa 12 điều động, bổ nhiệm giữ chức vụ Phó Chánh Văn phòng Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam.[9]